Monster menjijikkan mirip Godzilla yang disebut "kaijuu" telah muncul di sekitar Jepang selama bertahun-tahun. Untuk melawan binatang buas ini, unit militer elit yang dikenal sebagai Korps Pertahanan mempertaruhkan nyawa mereka setiap hari demi melindungi warga sipil. Begitu makhluk itu mati, "penyapu"—yang bekerja di bawah Perusahaan Pembersih Kaijuu Profesional—dibiarkan untuk membuang sisa-sisa bangkainya.

Kafka Hibino, pria berusia 32 tahun, tidak puas dengan pekerjaannya sebagai penyapu. Sejak kecil, dia bercita-cita bergabung dengan Korps Pertahanan dan membunuh kaijuu untuk mencari nafkah. Namun, setelah beberapa kali gagal, dia menyerah pada mimpinya dan pasrah pada kehidupan medioker yang memberinya gaji lumayan. Meski begitu, ketika seorang rekrutan ambisius berusia 18 tahun bernama Reno Ichikawa bergabung dengan tim pembersihnya, Kafka kembali diingatkan akan keinginannya untuk bergabung dengan militer.

Setelah serangkaian kejadian sial dan interaksi dengan penyapu junior itu, Kafka bertemu dengan kaijuu tipe parasit yang memaksa masuk melalui mulutnya—mengubahnya menjadi monster humanoid. Dengan kekuatan barunya, Kafka berniat mencoba impian seumur hidupnya untuk terakhir kalinya.