Setelah menghabiskan sebagian besar hidupnya di panti asuhan, calon dokter Uryuu Kamihate akhirnya menemukan tempat yang mau menampungnya—Kuil Amagami. Hanya ada satu masalah: dia adalah seorang ateis yang fanatik.

Setibanya di kuil, Uryuu mendapati bahwa dia tidak akan sendirian. Tinggal bersamanya adalah tiga gadis kuil: kakak tertua yang kekanak-kanakan, Yae; adik tengah yang konfrontatif, Yuna; dan adik bungsu yang usil, Asahi, semuanya adalah anggota keluarga Amagami. Sementara Yae dan Asahi menyambut kehadirannya, Yuna menolak untuk menerima keberadaannya dan berulang kali berselisih dengannya karena perbedaan keyakinan mereka. Namun, Asahi segera mengungkap alasan di balik kurangnya iman Uryuu.

Tepat saat keadaan mulai tenang, Chidori Amagami, kakek dari ketiga saudari tersebut, tiba-tiba mengungkapkan syarat untuk tempat tinggal Uryuu: dia harus menikahi salah satu dari saudari itu dan mewarisi kuil tersebut.